Pada 25 April 1950, proklamasi RMS dilakukan. Di kubu sebelah, ada beberapa orang di Ambon yang tidak setuju dengan kehadiran RMS dan menginginkan NKRI. Mereka ditangkap atas perintah Soumokil.
Menurut Syaranamual dalam Soumokil dan Hantjurnja RMS (1964), ternyata deklarasi kelahiran RMS semata-mata diprakarsai tekanan serta paksaan.
TNI sudah menghabisi basis RMS di Ambon pada 1950. Para pemimpin dan banyak pengikutnya kemudian mengasingkan diri di Belanda sembari melakukan gerilya.
Pada 1999, berdiri satu organisasi baru bernama Front Kedaulatan Maluku (FKM) yang beroperasi di Ambon. Mereka kerap mengibarkan bendera RMS di tempat-tempat umum hingga saat ini.***