Kabupaten yang termasuk di Papua Selatan, yakni:
Kabupaten Merauke (Berkedudukan sebagai ibukota), Kabupaten Mappi, Kabupaten Asmat, dan Kabupaten Boven Digoel.
2. Papua Tengah
Kabupaten yang termasuk di Papua Tengah, yakni:
Kabupaten Nabire (Berkedudukan sebagai ibukota), Kabupaten Paniai, Kabupaten Mimika, Kabupaten Dogiyai, Kabupaten Deyiai, Kabupaten Intan Jaya, Kabupaten Puncak, dan Kabupaten Puncak Jaya.
3. Provinsi Papua Pegunungan
Kabupaten yang termasuk di Papua Pegunungan, yakni:
Kota Wamena di Kabupaten Jayawijaya (Berkedudukan sebagai ibu kota).