Sophie terlihat cantik dan anggun, sedangkan Agatha yang tomboy terlihat seperti penyihir. Namun, keduanya ternyata memiliki ikatan yang saling berlawanan.
Saat itu Sophie dan Agatha mendengar kabar tentang School for Good and Evil, tempat para pahlawan dan penjahat, yang bercita-cita dilatih untuk bisa melindungi keseimbangan antara baik dan jahat.
Tujuan sekolah itu adalah untuk menciptakan keseimbangan antara si baik dan si jahat, hanya orang yang beruntung bisa bergabung di School for Good and Evil.
Di sisi lain, Sophie mencoba melarikan diri dari rumah di tengah malam dan berharap diculik untuk dibawa ke School for Good and Evil.
Mengetahui hal tersebut, Agatha langsung mengikuti dan mencoba menghentikan Sophie saat menyadari langit malam berwarna merah.
Kemudian, muncul bayangan berasap dan menyeret Sophie yang bersemangat masuk ke School for Good and Evil, dan Agatha yang ketakutan masuk melalui hutan.
Makhluk itu melepaskan mereka dan burung raksasa muncul, menyambar kedua gadis itu dengan menerbangkannya ke School for Good and Evil.
Lalu, bagaimana kelanjutan dari Sophie yang berkeinginan masuk ke School for Good and Evil? Apakah Agatha juga akan masuk ke sekolah tersebut?